Сюжетная линия фильма основывается на внезапно появившихся сверхъестественных способностях у пяти подростков. Сначала они живут самой обычной человеческой жизнью: учатся, гуляют, развлекаются, влюбляются. Но в один день их повседневная жизнь сменяется опасным приключением. Волей случая они оказываются в неизвестном им помещении. Позже выясняется, что находятся они здесь совсем не случайно. Оказывается, каждый подросток обладает той или иной способностью: сверхбыстрое перемещение из одной точки в любую другую, управление и материализация человеческих мыслей и страхов, способность парить в воздухе, выделение мощного энергетического потока, способность принимать облик оборотня.
Теперь единственной целью новых мутантов» и профессора Ксавьера становится направление возможностей подростков в выгодное для человечества русло. Кроме того, миру грозит опасность, и его спасение ложится на плечи главных героев фильма Новые мутанты».